根据目的及条件的不同，注册日本公司的方式也会有差异。国人在日本注册公司时一般有注册日本法人、注册日本公司分店、设立日本代表处三种方式。
注册日本法人
注册日本法人的优势
1.政府机构发行的官方法人誊本文件，可增加您公司的信誉。
2.可以以公司名义开设银行帐户。
3.在日本的经营活动中由于触犯日本法律而引起的纠纷，不会涉及到本国的法人。
注册日本法人的缺点
需要准备注册资本金(如您需要申请投资经营签证，注册资本金需要500万日元以上)，注册手续等大概需要30-35万日元。
注册日本分店
依据日本法律规定，设置并且注册外国法人的日本分店来开展在日商务活动。
注册日本分店的好处
1.政府机构发行的官方法人誊本文件，可提高法人的信誉。尤其对提高本国法人的信誉很有帮助。
2.可以以公司名义开设银行帐户
注册日本分店的缺点
1.注册费用大约需要30-35万日元。
因为日本分店是本国法人组织的一部分，在日本国内办理税务申报时，将以本国法人的资本金额做为计算基准，因此如果本国法人的资本金额较高，在缴税时将略有不利。
在日本的经营活动中由于触犯日本法律而引起的纠纷，将会涉及到本国法人。
设置代表处
办事处是为了将来在日本正式开展商务活动，事先做收集信息、广告宣传、采购物品、市场调查等准备活动而设置的据点。设置代表处不需要注册。
设置代表处的优势
由于不需要注册，所以也不需要支付注册费用。
设置代表处的缺点
1.原则上不可以开展营业活动。
2.没有可以证明办事处存在的官方文件，缺乏可信性。
3.办理外国国籍驻日人员的就职签证时较困难。
4.在日本雇佣员工也会相对困难。
