因为GST适用于加拿大境内的绝大多数交易，包括零售和批发，产品和服务，所以每一个商家，只要是在加拿大境内经营适用GST的产品或服务，都必须在税局注册一个GST号。注册了GST号的商家被称为是GST注册商家。GST号的前9位数字就是商业税号（Business Number， 与进出口、所得税、工资税共用一个号），不同的是GST号后缀字母是RT。GST注册商家有义务为政府代收，申报，以及上交GST（如果是净交税）。
从事免税业务的商家不从顾客收税，并且它们在购买东西时仍需交税，而且交出的税也不能退还。GST对它们来说只是一种费用或成本。因此，完全是从事GST免税业务的商家不能注册GST号。
注册GST号可以在第一次申请注册商业税号时进行。如已有商业税号，只是再增加 GST 账号比较简单；如果没有商业税号，商家可以通过传真、邮寄，或上税局网站通过互联网，同时注册商业税号和GST号。
GST净额的计算
GST申报的一个主要内容是通过申报这一周期销售和其它收入总金额，应收进的GST总金额，以及应付出去的GST总金额，来得出GST净额。
计算某一申报周期GST净额的方法是：从销售中应收进GST的总额（包括己收到的和应收但还没收到的GST，只要销售发票在这一周期内开出均包括在内）减去从购买和各种开销中应付出去GST的总额（包括已付出的和应付但还没付出的GST，只要购买发票在这一周期内已产生均包括在内，这个数字就是前面讨论的“GST顶税金”）。
如果这个GST净额是正数，这就是该商家应该向税局上交的GST金额，如果是负数，该数字就是商家可退回的GST金额。
当然，GST申报内容还涉及预交的GST金额。如果商家有预交，在算出GST净额后还要根据预交金额进行调整，才能得出最终上交的GST金额或是退税的金额。
GST报表上交或申报方式
GST报表填好以后，商家可以通过下列方式上交税局：
1.邮寄
GST注册商家可以使用邮寄的方式将GST报表和支票（如欠税款）寄到税局。交税在$5万以上的必须通过银行支付。邮寄报表时不需附上有关的票据。
在邮寄的情况下，决定报表是否按时上交的标准是以邮件上邮戳日期为准，而不是以税局收到日期为准。
2.银行
GST注册商家可以将填好的GST报表交给各任何一个大银行并通过银行直接转帐付款。应注意的是，商家不能通过银行申报退税或做零申报(Nil Return)。银行只有在商家要转帐付税的情况下才接受GST报表。
3.税局网站
通过税局网站上 GST/HST Net File 的申报，就是在税局网上填写 GST报表并直接发送，申报人可以立即打印出税局的确认。通过税局网站的申报，商家必须要有一个4位数字的号码才能进行：而这个号码是印在税局寄来的GST报表上。新的GST注册商家第一年申报，一般没有这个号码。
4.银行网站(EDI)
GST注册商家可以通过上网进入自己的银行账号，直接申报GST和交税。在网上填写的GST报表与前面介绍的报表完全一样。有关细节请联系自己的银行。
